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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
Data corrente: |
28/01/2021 |
Data da última atualização: |
10/06/2021 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
ARAÚJO, F. C. B. das; CUNHA, E. F. M.; RODRIGUES, S. de M.; BONFIM, K.; TAVARES, E. J. M.; MOURA, M. F.; SILVA, G. F. da. |
Afiliação: |
Francisca Chagas Bezerra das Araújo, UFRA; ELISA FERREIRA MOURA CUNHA, CPATU; SIMONE DE MIRANDA RODRIGUES, CPATU; KENNY BONFIM DE ARRUDA CARVALHO, Cenargen; ERALDO JOSE MADUREIRA TAVARES, CPATSA; Mônika Fecury Moura, CPATU; GILVAN FERREIRA DA SILVA, CPAA. |
Título: |
Identification and validation of SNPs in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with yellow color of the root in cassava (Manihot esculenta Crantz) accessions of the Brazilian Amazon. |
Ano de publicação: |
2021 |
Fonte/Imprenta: |
Genetic Resources and Crop Evolution, v. 68, p. 1809-1824, 2021. |
DOI: |
https://doi.org/10.1007/s10722-020-01097-x |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
The biofortification of cassava (Manihot esculenta Crantz) roots is one of the actual goals of genetic breeding, with the development of roots richer in carotenoids. In order to evaluate the natural genetic variation of cassava, this study analyzed 78 accessions from the Brazilian Amazon to verify the presence of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with root color. From the sequencing of 294 bp containing part of the intron 2 and the exon 3 of the psy2 gene, three SNPs located in the coding region and the existence of eight haplotypes were identified. The c.1434G > C (SNP1) and c.1485C > A (SNP3) variations were found in yellow and cream root accessions and nucleotide polymorphism resulted in amino acid substitution. SNP2 (c.1462T > C) was identified in accessions with white roots and its allelic variation did not result in amino acid substitution. Four haplotypes that presented SNP3 were widely distributed in the states of Pará, Amapá, Rondônia and Amazonas. All accessions of yellow or cream root that presented the SNP3 were in heterozygosity, confirming the dominance of the SNP, except for one accession, that could be used in genetic breeding. The effect of mutations on the structure and function of PSY2 was in silico evaluated by molecular dynamics and it was indicated that the aminoacid substitutions affected the active site of the protein depending on the distance. The results were compatible with the phenotype detected experimentally. MenosThe biofortification of cassava (Manihot esculenta Crantz) roots is one of the actual goals of genetic breeding, with the development of roots richer in carotenoids. In order to evaluate the natural genetic variation of cassava, this study analyzed 78 accessions from the Brazilian Amazon to verify the presence of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with root color. From the sequencing of 294 bp containing part of the intron 2 and the exon 3 of the psy2 gene, three SNPs located in the coding region and the existence of eight haplotypes were identified. The c.1434G > C (SNP1) and c.1485C > A (SNP3) variations were found in yellow and cream root accessions and nucleotide polymorphism resulted in amino acid substitution. SNP2 (c.1462T > C) was identified in accessions with white roots and its allelic variation did not result in amino acid substitution. Four haplotypes that presented SNP3 were widely distributed in the states of Pará, Amapá, Rondônia and Amazonas. All accessions of yellow or cream root that presented the SNP3 were in heterozygosity, confirming the dominance of the SNP, except for one accession, that could be used in genetic breeding. The effect of mutations on the structure and function of PSY2 was in silico evaluated by molecular dynamics and it was indicated that the aminoacid substitutions affected the active site of the protein depending on the distance. T... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Biofortificação; Raíz rica em carotenoide. |
Thesagro: |
Carotenóide; Mandioca; Manihot Esculenta; Polimorfismo; Proteína; Raiz Alimentícia; Variação Genética. |
Thesaurus Nal: |
Carotenoids; Cassava; Haplotypes; Polymorphism. |
Categoria do assunto: |
-- G Melhoramento Genético |
Marc: |
LEADER 02740naa a2200361 a 4500 001 2129648 005 2021-06-10 008 2021 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.1007/s10722-020-01097-x$2DOI 100 1 $aARAÚJO, F. C. B. das 245 $aIdentification and validation of SNPs in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with yellow color of the root in cassava (Manihot esculenta Crantz) accessions of the Brazilian Amazon.$h[electronic resource] 260 $c2021 520 $aThe biofortification of cassava (Manihot esculenta Crantz) roots is one of the actual goals of genetic breeding, with the development of roots richer in carotenoids. In order to evaluate the natural genetic variation of cassava, this study analyzed 78 accessions from the Brazilian Amazon to verify the presence of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with root color. From the sequencing of 294 bp containing part of the intron 2 and the exon 3 of the psy2 gene, three SNPs located in the coding region and the existence of eight haplotypes were identified. The c.1434G > C (SNP1) and c.1485C > A (SNP3) variations were found in yellow and cream root accessions and nucleotide polymorphism resulted in amino acid substitution. SNP2 (c.1462T > C) was identified in accessions with white roots and its allelic variation did not result in amino acid substitution. Four haplotypes that presented SNP3 were widely distributed in the states of Pará, Amapá, Rondônia and Amazonas. All accessions of yellow or cream root that presented the SNP3 were in heterozygosity, confirming the dominance of the SNP, except for one accession, that could be used in genetic breeding. The effect of mutations on the structure and function of PSY2 was in silico evaluated by molecular dynamics and it was indicated that the aminoacid substitutions affected the active site of the protein depending on the distance. The results were compatible with the phenotype detected experimentally. 650 $aCarotenoids 650 $aCassava 650 $aHaplotypes 650 $aPolymorphism 650 $aCarotenóide 650 $aMandioca 650 $aManihot Esculenta 650 $aPolimorfismo 650 $aProteína 650 $aRaiz Alimentícia 650 $aVariação Genética 653 $aBiofortificação 653 $aRaíz rica em carotenoide 700 1 $aCUNHA, E. F. M. 700 1 $aRODRIGUES, S. de M. 700 1 $aBONFIM, K. 700 1 $aTAVARES, E. J. M. 700 1 $aMOURA, M. F. 700 1 $aSILVA, G. F. da 773 $tGenetic Resources and Crop Evolution$gv. 68, p. 1809-1824, 2021.
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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Registros recuperados : 25 | |
3. | | SILVA, L. C. da; NERE, D. R.; BLEICHER, E.; BARBOSA, A. V. C.; TAVARES, E. J. M. Demographic parameters of black aphid in cowpea cultivars. Ciência Agrícola, Rio Largo, v. 16, n. 1, p. 69-76, 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Semiárido. |
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4. | | SILVA, L. C. da; NERE, D. R.; BLEICHER, E.; BARBOSA, A. V. C.; TAVARES, E. J. M. Demographic parameters of cowpea aphids on advanced semi-erect cowpea lines. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 53, n. 8, p. 900-908, Aug. 2018. Título em português: Parâmetros demográficos do pulgão-preto em linhagens avançadas de feijão-caupi de porte semiereto.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Semiárido; Embrapa Unidades Centrais. |
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5. | | MORAIS, J. P. S.; CAMPOS, A. de; HUBINGER, S. Z.; MARCONCINI, J. M.; TAVARES, E. J. M. Determinação lignocelulósica da torta de dendê. In: WORKSHOP DA REDE DE NANOTECNOLOGIA APLICADA AO AGRONEGÓCIO, 5., 2009, São Carlos. Anais...São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação Agropecuária, 2009. p. 173-174Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Algodão; Embrapa Amazônia Oriental. |
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7. | | SILVA, T. R. R. da; TAVARES, E. J. M.; MORGANTE, C. V.; BRITTO, D. de; PARANHOS, B. A. G. Genes-alvos de silenciamento gênico por interferência de RNA (RNAi) no controle de Ceratitis capitata. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA SEMIÁRIDO, 17., 2023, Petrolina. Anais... Petrolina: Embrapa Semiárido, 2023. p. 23. (Embrapa Semiárido. Eventos Técnicos & Científicos, 1).Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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9. | | ARAÚJO, F. C. B. das; CUNHA, E. F. M.; RODRIGUES, S. de M.; BONFIM, K.; TAVARES, E. J. M.; MOURA, M. F.; SILVA, G. F. da. Identification and validation of SNPs in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with yellow color of the root in cassava (Manihot esculenta Crantz) accessions of the Brazilian Amazon. Genetic Resources and Crop Evolution, v. 68, p. 1809-1824, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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10. | | CARDOSO, S. V. D.; ISHIDA, A. K. N.; FREIRE, A. de N. R.; CAMPOS, K. R. de A.; CUNHA, E. F. M.; TAVARES, E. J. M. Reação de variedades de mandioca (Manihot esculenta Crantz) a Xanthomonas axonopodis pv. manihotis. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 20.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 4., 2016, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2016. p. 313-317.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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11. | | SANCHES, S. C. C.; VASCONCELOS, F.; TAVARES, E. J. M.; MARINHO, P. S. B.; COSTA, C. E. F.; SILVA JUNIOR, J. O. C.; RIBEIRO-COSTA, R. M. Physicochemical characterization of chondroitin sulfate-co-n-isopropylacrylamide for pharmaceutical purposes. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 4., 2012, Guarujá. Rodada e feira de negócios. [S.l.]: Sociedade Brasileira de Biotecnologia, 2012.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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12. | | ALVES, T. V. G.; MATONDO, R. M.; DINIZ, J. A. P.; TAVARES, E. J. M.; AOUADA, F. A.; RIBEIRO-COSTA, R. M. Physicochemical characterization of PAAM-CO-MC hydrogels as controlled release systems. In: INTERNATIONAL CONGRESS OF PHARMACEUTICAL SCIENCES, 8., 2011, Ribeirão Preto. New trends in pharmaceutical sciences: proceedings. Ribeirão Preto: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, USP, 2011.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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13. | | SILVA, S. A.; SANCHES, S. C. C.; RIBEIRO-COSTA, R. M.; SANTOS, A. C.; MARTINS, N. M.; TAVARES, E. J. M.; SILVA-JUNIOR, J. O. C.; VASCONCELOS, F. Preliminary toxicological assessment of the copolymer chondroitin sulfate-co-N-isopropylacrylamideas drugs carrier. Applied Research in Toxicolgy, v. 1, p. 189, 2015. Suppl. 1. Abstracts of Congress of Toxicology in Developing Countries, 9.; Congresso Brasileiro de Toxicologia, 19., 2015, Natal.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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15. | | TAVARES, E. J. M.; PEREIRA, W. L. A.; VASCONCELOS, F.; FRACETO, L. F.; OLIVEIRA, M. E. C.; MOURA, M. R. de; MATTOSO, L. H. C.; AOUADA, F. A.; MELO, N. F. S. de; ALVES, R. M. Assessment of the citotoxicity and acute oral toxicity of a new spherical chitosan-polymethacrylic acid (CS-PMAA) nanoparticle In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON FOOD AND AGRICULTURE APPLICATIONS OF NANOTECHNOLOGIES - NanoAgri, 2010, São Pedro, SP. [Anais?] São Pedro: Aptor Software, 2010. Editors: Caue Ribeiro, Odílio Benedito Garrido de Assis, Luiz Henrique Capparelli Mattoso, Sérgio Mascarenhas.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Instrumentação. |
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16. | | COSTA, A. C. DA S.; SOUSA, A. R. B. DE; TAVARES, E. J. M.; BRANDAO, H. de M.; MATOS, E. R.; MELO, M. F. C.; PINHERIO, J. DE J. V.; SILVA JR. J. O. C.; COSTA, R. M. R. Avaliação da biodistribuição de nanopartículas mucoadesivas em branqueas de tambaquis amazônicos. In; WORKSHOP DA REDE DE NANOTECNOLOGIA APLICADA AO AGRONEGÓCIO, 6., 2012, Fortaleza. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação; Fortaleza: Embrapa Agroindústria Tropical, 2012.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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17. | | COSTA, A. C. da S.; SOUSA, A. R. B. de; TAVARES, E. J. M.; BRANDÃO, H. de M.; MATOS, E. R.; MELO, M. F. C.; PINHERIO, J. de J. V.; SILVA JUNIOR, J. O. C.; COSTA, R. M. R. Avaliação da biodistribuição de nanopartículas mucoadesivas em branqueas de tambaquis amazônicos. In: WORKSHOP DA REDE DE NANOTECNOLOGIA APLICADA AO AGRONEGÓCIO, 6., 2012, Fortaleza. Anais... Fortaleza: Embrapa Agroindústria de Alimentos, 2012.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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18. | | TAVARES, E. J. M.; PEREIRA, W. L. A.; FRACETO, L. F.; VASCONCELOS, F.; OLIVEIRA, M. E. C.; GUILHERME, M. R.; MATTOSO, L. H. C.; MELO, N. F. S. de. Citotoxicity and acute oral toxicity tests of nanometer- and submicrometer-sized hollow spheres of chondroitin sulfate as a potential formulation strategy for anti-inflammatory encapsulation. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON FOOD AND AGRICULTURE APPLICATIONS OF NANOTECHNOLOGIES, 2010, São Pedro, SP. [Anais...]. São Pedro, SP: Aptor Software, 2010. p. 241. NanoAgri 2010. Editors: Caue Ribeiro, Odílio Benedito Garrido de Assis, Luiz Henrique Capparelli Mattoso, Sérgio Mascarenhas.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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19. | | DUARTE JUNIOR, A. P.; TAVARES, E. J. M.; ALVES, T. V. G.; MOURA, M. R. de; COSTA, C. E. F. da; SILVA JÚNIOR, J. O. C.; COSTA, R. M. R. Chitosan nanoparticles as a modified diclofenac drug release system. Journal of Nanoparticle Research, v. 19, n. 8, article 274, 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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20. | | DUARTE JUNIOR, A. P.; ALVES, T. V. G.; TAVARES, E. J. M.; MOURA, M. R. de; OLIVEIRA, M. E. C.; COSTA, C. E. F. da; COSTA, R. M. R.; SILVA JUNIOR, J. O. C. Caracterização térmica de nanopartículas de quitosana. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ANÁLISE TÉRMICA E CALORIMETRIA, 7., 2010, São Pedro. [Anais]. [São Paulo]: ABRATEC, 2010.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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